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高温烧菌培养室温度太高，杂菌易生长；发菌期菌袋内温度升至32弋以上，没及时疏袋散热，造成烧袋，致使绿霉等杂菌严重感染。培菌时有两个升温关键期，一是菌种萌发覆盖料面后的迅速生长期；二是早春气温迅速升高。高温烧菌后，病害症状没及时表现出来，但由于灵芝菌丝受损严重，芝棒割袋下地后，病害很快爆发。芝棒菌丝体成熟度不足灵芝菌丝体成熟度不足，菌丝体抗性弱，芝棒下地、菌袋剪口后仍易感染杂菌。阳光暴晒菌袋菌袋覆土后，日照强烈，迅速升温，芝棚遮阳度小（甚至没有遮阳），致使菌袋菌丝体被太阳暴晒受损后感染杂菌。芝棒下地后灌水由于是不完全脱袋栽培，芝棒下地后灌水，菌木表面及菌袋内的水份不能很快从袋内蒸发出来，过高的土壤水份会切断段木菌丝的氧气供给，致使芝棒呼吸不畅窒息死亡后感染杂菌。
酶解法．酶解法通过利用几丁质酶、纤维素酶或溶壁酶等酶液的一种或多种，使灵芝抱子细胞壁中的成分降解，释放其有效成分．使用生物酶辅助提取灵芝酸A，终实现灵芝酸A的提取率达到0.54%． 溶菌法．利用微生物和灵芝抱子一同发酵，让微生物在发酵过程中降解灵芝抱子细胞壁．利用益生菌枯草芽抱杆菌、嗜酸乳杆菌与灵芝抱子进行液态发酵，终使得灵芝抱子破壁率达到85%以上．化学法化学法的优点与生物法较为相似;缺点是提取溶剂易导致有效成分变性，且溶剂残留不易去除．溶剂提取法．溶剂提取法利用“相似相溶”原理，使灵芝抱子在水、乙醇等溶剂中长时间浸泡或回流，从而使有效成分扩散到溶剂中.例如,Lee等8采用25%乙醇提取灵芝中的成分，终减压浓缩并定容至500mL保存，通过灵芝的25%乙醇提取物，研究其通过Nrf2/HO-1通路增强细胞的抗氧化作用，该方法对灵芝孢子的提取率较好．
四、混合料的加入与比例混合料是填充袋内段木与段木之间的主要物质，它是灵芝菌丝体初的营养源。其配方为：阔叶木屑75%、细米糠或麦麸21%、白糖或红糖1%、石膏1%、硫酸镁0.1%、合成色素0.3%、合成蛋白胨0.54%、灵芝生物素0.06%、腐质土1%,料水比为5：5。将硫酸镁、生物素、色素、合成蛋白胨、白糖溶入水中，与上述原料拌匀，填入已装好段木的栽培袋中，注意段木与段木之间的空隙一定要填实，料面超出段木面2厘米即可封袋，并立即进入灭菌程序。五、灭菌灭菌可采用高压或常温蒸笼，无论采用哪一种灭菌，都要考虑料之间的水蒸气流通，以收到充分灭菌的效果，采用高压灭菌的，升火前应打开放气阀门，当水蒸气大量喷发时，关闭放气阀，加大火力，当压力表盘为0.15帕次放气时开始计时，在此气压下持续4个小时即可停火。当压力表降至0帕时，打开放气阀排气，把压力锅门打开自然降温。采用常用灭菌的，在蒸笼底部一角放一支温度计，升火后温度至100°C时开始计时，维持12个小时后停火，闷上一夜，然后打开蒸。
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